Доктор медицинских наук (НИИ онкологии, филиал Томского НИМЦ)

Спирина Людмила Викторовна

Научный руководитель

Университет

ФГБОУ ВО СибГМУ Минздрава России

Уровень владения английским языком

Advantage or upper intermediate

Направление подготовки, на которое будет приниматься аспирант
30.06.01 (Фундаментальная медицина)
03.01.04 Биохимия.
Перечень исследовательских проектов потенциального научного руководителя (участие/руководство)
  1. Грант Российского фонда фундаментальных исследований № 08-04-00616 «Интра и экстраклеточные протеолитические комплексы злокачественных новообразований и их роль в метастазировании опухолей», исполнитель 2008-2010 г.г.
  2. Федеральная целевая программа «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России на 2009-2013 годы», Государственный контракт №П320, «Исследование роли компонентов ракового деградома в патогенезе злокачественных новообразований», исполнитель.
  3. Федеральная целевая программа «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России на 2009-2013 годы», Государственный контракт № 02.740.11.0769; «Идентификация белковых маркеров для диагностики и прогнозирования рака желудка», Гранта Российского фонда фундаментальных исследований № 13-04-00169.13, исполнитель.
  4. Грант Российского фонда фундаментальных исследований № 13-04-00169.13 «Локомоторные белки и регуляция их экспрессии в опухолях женской репродуктивной системы», 2013-2015 годы, исполнитель.
  5. Грант Российского фонда фундаментальных исследований 14-04-91150 ГФЕН_а Фундаментальные аспекты участия системы инсулиноподобных факторов роста в развитии злокачественных новообразований, ассоциированных с метаболическим синдромом 2014-2015 годы, исполнитель.
  6. Грант президента МД-3637.2015 «Разработка молекулярных маркеров прогнозирования течения и эффективности таргетной терапии рака почки», руководитель – д.м.н Спирина Л.В., 2015-2017, руководитель.
  7. Грант Российского фонда фундаментальных исследований 17-04-00198 «Актинсвязывающие белки: связь с типом клеточной миграции и неопластической трансформацией эпителия человека», исполнитель. 2017-2019.
  8. Грант РФФИ 17-00-00186 «Молекулярный имиджинг онкологических патологий биологических тканей в терагерцовой области спектра с использованием лазерной спектроскопии с разрешением по времени, технологий анализа больших данных и машинного обучения», КОМФИ, 2017-2019 г.г., исполнитель.
  9. Грант кафедры биохимии и молекулярной биологии с курсом КЛД «Молекулярные и биохимические механизмы развития инфекционных и неинфекционных соматических заболевания на основе регуляции протеолиза и формирования метаболических нарушений», 2021, руководитель.
  10. 10. Грант СибГМУ на создание лаборатории «Экспериментальной биохимии и биологии», проект «Роль метаболического репрограммирования в развитии хронических инфекционных и неинфекционных заболеваний человека, их коррекции под влиянием микроРНК и наночастиц оксида алюминия и железа», 2022, руководитель.
Перечень предлагаемых соискателям тем для исследовательской работы
  1. Роль внеклеточных нуклеиновых кислот в качестве предикторов эффективности лечения хронических неинфекционных заболеваний человека
  2. Разработка молекулярного подхода в исследовании биологических свойств наночастиц различного происхождения.
  3. Биохимические особенности действия холодной плазмы на эпителиальные и трансформированные клетки.
  4. Разработка подходов жидкостной биопсии для диагностики хронических неинфекционных заболеваний человека.
  5. Клинико-эпидемиологические и молекулярные особенности развития меланом.
  6. Поиск молекулярно-генетических биомаркеров метаболических нарушений, возможности их коррекции под влиянием микроРНК в условиях in vitro.
  7. Анализ метаболических изменений адипоцитов под влиянием наночастиц железа и алюминия в условиях in vitro
Более детальное описание научных интересов
  • Биохимические и биологические основы наноинженерии материалов медицинского назначения
    • «Метаболические нарушений, их коррекции под влиянием микроРНК и наночастиц оксида алюминия и железа»;
    • «Молекулярно-генетические особенности действия наночастиц»
  • Биохимические, молекулярно-биологические и иммунологические особенности хронических неинфекционных и инфекционных заболеваний человека на фоне метаболических нарушений
    • «Моноциты крови при ожирении у детей»
    • «Роль протеолитических систем в развитии осложнений на фоне новой коронавирусной инфекции»
  • Проект: Определение циркулирующих опухолевых биомаркеров на основе NGS секвенирования для диагностики и терапии заболеваний человека
  • Проект: Перспектива лабораторной медицины
Особенности исследования
Планируемое исследование будет проводится под руководством преподавателей НИИ, имеется возможность обучения работе на уникальном оборудовании по секвенированию генов, фрагментному анализа, применения профессиональных программных продуктов, а также финансовая поддержка исследований аспиранта.
Требования потенциального научного руководителя
Владение методами белковой детекции, основами проведения ПЦР, языки программирования R и Python, базовыми статистическими программами. Обязательно в бэкграунде изучение биоинформатики и основ графического представления данных.
Публикации

Общее количество публикаций в журналах, индексируемых Web of Science, Scopus, - 54
RSCI - 50 

  1. Knyazkova AI, Borisov AV, Spirina LV, Kistenev YV. Paraffin-embedded prostate cancer tissue grading using terahertz spectroscopy and machine learning. J Infrared Millim Terahertz Waves [Internet]. 2020;41(9):1089-104. DOI: 10.1007/s10762-020-00673-7 (IF=2.049)
  2. Spirina LV, Yurmazov ZA, Gorbunov AK, Usynin EA, Lushnikova NA, Kovaleva IV. Molecular protein and expression profile in the primary tumors of clear cell renal carcinoma and metastases. Cells [Internet]. 2020;9(7) DOI: 10.3390/cells9071680 (IF=5.276)
  3. Spirina LV, Chizhevskaya SY, Kondakova IV. Molecular profiling of follicular variant of papillary thyroid cancer. Bull Exp Biol Med [Internet]. 2020;169(1):85-8. DOI: 10.1007/s10517-020-04830-9 (IF=0.775)
  4. Spirina LV, Avgustinovich AV, Afanas’ev SG, Chere-Misina OV, Volkov MY, Choynzonov EL, Gorbunov AK, Usynin EA. Molecular mechanism of resistance to chemotherapy in gastric cancers, the role of autophagy. Curr Drug Targets [Internet]. 2020;21(7):713-21. DOI: 10.2174/1389450120666191127113854 (IF=2.868)
  5. Spirina L.; Avgustinovich A.; Afanas’ev S.; Volkov M.; Dobrodeev A.; Cheremisina O.; Kostromitsky D. PD-L1 Status in Gastric Cancers, Association with the Transcriptional, Growth Factors, AKT/mTOR Components Change, and Autophagy Initiation. Int. J. Mol. Sci. 2021; 22: 11176. https://doi.org/ 10.3390/ijms222011176 IF=6.0 (индексируется в WOS, Scopus, РИНЦ)
Результаты интеллектуальной деятельности
  1. Спирина Л.В., Кондакова И.В., Усынин Е.А., Слонимская Е.М., Юрмазов З.А. Способ прогнозирования развития гематогенных метастазов после комбинированного лечения рака почки. Патент на изобретение РФ №2528100 от 16.07.2014
  2. Спирина Л.В., Кондакова И.В., Чойнзонов Е.Л., Чижевская С.Ю., Шишкин Д.А. Способ прогнозирования развития лимфогенных метастазов при плоскоклеточных карциномах головы и шеи после проведения комбинированного лечения. Патент на изобретение РФ № 2527338 от 27.08.2014
  3. Спирина Л.В., Усынин Е.А., Кондакова И.В., Слонимская Е.М. Способ прогнозирования исхода мышечно-инвазивного рака мочевого пузыря после комбинированного лечения. Патент на изобретение РФ № 2538632 от 10.01.2015
  4. Коваль В.Д., Коломиец Л.А., Спирина Л.В., Чернышова А.Л., Кондакова И.В. Способ оценки развития рака эндометрия у больных с гиперпластическими процессами эндометрия. Патент на изобретение РФ №2554505 от 25.05.2015
  5. Юрмазов З.А., Слонимская Е.М., Кондакова И.В., Усынин Е.А., Спирина Л.В. Способ прогнозирования исхода заболевания у больных метастатическим раком почки. Патент на изобретение РФ 2589286 от 08.06.2016
  6. Спирина Л.В., Юрмазов З.А., Слонимская Е.М., Кондакова И.В., Усынин Е.А. Способ прогнозирования эффективности терапии эверолимусом у больных метастатическим раком почки. Патент на изобретение РФ 2616533 от 17.04.2017
  7. Виллерт А.Б., Коломиец Л.А., Юнусова Н.В., Спирина Л.В., Кондакова И.В., Чердынцева Н.В., Гердт Л.В. Способ прогнозирования степени вероятности возможности выполнения циторедуктивной операции у больных с диссеминированными формами рака яичников. Патент на изобретение РФ №2637399 от 04.12.2017
  8. Юнусова Н.В., Виллерт А.Б., Спирина Л.В., Коломиец Л.А., Кондакова И.В Способ прогнозирования эффективности неоадъювантной химиотерапии у больных с диссеминированными формами рака яичников. Патент на изобретение РФ №2637410 от 04.12.2017
  9. Юрмазов З.А., Спирина Л.В., Слонимская Е.М., Кондакова И.В., Усынин Е.А Патент на изобретение РФ 2650964 от 18.04.2018 Способ персонифицированного назначения таргетной терапии у больных метастатическим раком почки в предоперационном режиме
  10. Спирина Л.В., Чижевская С.Ю., Кондакова И.В., Чойнзонов Е.Л.База Данных анамнестических, клинико-морфологических и молекулярных параметров у больных с патологией щитовидной железы База данных №2018620642 от 27 апреля2018
  11. Спирина Л.В., Юрмазов З.А., Лушникова Н.А., Усынин Е.А., Слонимская Е.М., Кондакова И.В. База данных №20196205247 База данных анамнестических, клинико-морфологических и молекулярных параметров у больных с диссеминированным раком почки
  12. Горбунов А.К., Слонимская Е.М., Спирина Л.В., Усынин Е.А., Кондакова И.В Патент на изобретение РФ 2688181 от 10.01.2019 СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ СРОКОВ ОТВЕТА НА АНДРОГЕН-ДЕПРИВАЦИОННУЮ ТЕРАПИЮ У БОЛЬНЫХ РАКОМ ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ
  13. Горбунов А.К., Усынин Е.А., Спирина Л.В., Кондакова И.В. Свидетельство о государственной регистрации данных №2019621535 от 02.09.2019 База данных анамнестических, клинико-морфологических, молекулярных параметров пациентов с подозреним на рак предстательной железы и больных со злокачественным процессом простаты II-IV стадии
  14. Коломиец Л.А., Очиров М.О., Трухасева Н.Г., Чернышова А.Л., Чуруксаева О.Н., Молчанов С.В., Виллерт А.Б., Фролова И.Г., Спирина Л.В. Патент РФ №268770 от 21.03.2018 Способ дооперационного прогнозирования вероятности риска лимфогенного метастазирования у больных раком эндометрия Т1 стадии
  15. Свидетельство №2020620978 от 16.06.2020 «База данных анамнестических, клинико-морфологических параметров больных с раком мочевого пузыря» Спирина Л.В., Усынин Е.А. дата подачи 02.06.2020
  16. Августинович А.В., Афанасьев С.Г., Спирина Л.В., Добродеев А.Ю., Самцов Е.Н., Меньшиков К.Ю., Фролова И.Г. Патент №2756870 от 05.10.2021 «Способ комбинированного лечения операбельного рака желудка с позитивным PDL-статусом»
  17. Августинович А.В., Афанасьев С.Г., Спирина Л.В., Добродеев А.Ю., Волков М.Ю., Брагина О.Д., Чернов В.И. Патент №2762319 от 17.11.2021 Способ комбинированного лечения операбельного рака желудка с гиперэкспрессией HER2/neu
  18. Патент №2765845 от 03.02.2022 «Способ комбинированного лечения местнораспространённого кардиоэзофагеального рака». Августинович А.В., Афанасьев С.Г., Спирина Л.В., Самцов Е.Н., Волков, Добродеев А.Ю., Фролова И.Г., Старцева Ж.А.
  19. Патент №2776231 от 14.07.2022 «СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РЕЦИДИВОВ У ПАЦИЕНТОВ С ГЛИОМАМИ ГОЛОВНОГО МОЗГА». Спирина Л.В., Рябова А.И., Кондакова И.В., Мединцева Е.Ю.
  20. Патент №2780942 от 04.10.2022 «Способ прогнозирования инвазии опухоли в капсулу при папиллярном раке щитовидной железы». Спирина Л.В., Чижевская С.Ю., Кондакова И.В., Ковалева И.В., Кебекбаева А.Е.
  21. Патент №2756870 от 05.10.2021 «Способ комбинированного лечения операбельного рака желудка с позитивным PDL-статусом»
  22. Патент №2762319 от 17.11.2021 Способ комбинированного лечения операбельного рака желудка с гиперэкспрессией HER2/neu Августинович А.В., Афанасьев С.Г., Спирина Л.В., Добродеев А.Ю., Волков М.Ю., Брагина О.Д., Чернов В.И
  23. Св-во о государственной регистрации №2022620171 от 19.01.2022 «База данных анамнестических, клинико-морфологических, молекулярных параметров и показателей однофотонной эмиссионной компьютерной томографии с радиофармацевтическим лекарственным препаратом [99mТс]-Al2O3 для диагностики «сторожевых» лимфатических узлов у больных меланомой кожи». Никульников К.В., Чижевская С.Ю., Чернов В.И., Спирина Л.В., Медведева А.А., Зельчан Р.В